Gugus Mutu di UIN A. M. Sangadji Ambon terdiri dari dua yaitu: Gugus Mutu Fakultas yang bertanggung jawab kepada Dekan dan Gugus Mutu Program Pascasarjana yang bertanggung jawab kepada Direktur Program Pascasarjana, dalam hal pengendalian standar dan penjaminan mutu Institusi Fakultas/Pascasarjana. Adapun tugas dan tanggung jawabnya adalah sebagai berikut:
1. Untuk mengembangkan penjaminan mutu fakultas/ pascasarjana
2. Untuk melakukan sosialisasi penjaminan mutu di jurusan/ program studi.
3. Untuk memonitor dan mengevaluasi pelaksanaan penjaminan mutu
4. Untuk melakukan konsultasi dan pendampingan pelaksanaan penjaminan mutu
Dalam melakukan tugasnya, Gugus Mutu Fakultas dan Gugus Mutu Program Pascasarjana dikoordinir oleh Lembaga Penjaminan Mutu UIN A. M. Sangadji Ambon.
| Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam | SK Rektor No. 179 Tahun 2025 |
| Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan | SK Rektor No. 92 Tahun 2025 |
| Fakultas Syariah | SK Dekan No. 19 Tahun 2025 |
| Fakultas Ushuluddin dan Dakwah | SK Dekan No. 106 Tahun 2025 |
| Program Pascasarjana |